Le microscope est surtout utilisé en dermatologie pour rechercher les causes de certaines maladies ou certains acariens( gale d'oreille,....)
Il peut également permettre d'examiner des frottis sanguins pour rechercher des parasites tels que les piroplasmes ou pour faire un suivi des chaleurs d'une chienne en examinant des frottis vaginaux. Certains cristaux urinaires peuvent aussi être typés par un examen microscopique